在《海關總署與澳門海關合作互助安排》、“陸路口岸查驗結果參考互認機制”、“為經澳門特別行政區輸往內地的葡萄酒提供通關徵稅便利措施合作安排”和《海峽兩岸經濟合作框架協議(ECFA)》等措施配合下，澳門海關除了令通關業務現代化，以及與世界各地關務接軌外，亦促進區域通關協作和貿易便利化。海關口岸監察廳長黃文忠指出，未來會繼續與內地及香港海關研究優化通關業務、便捷及創新等措施，互享訊息，配合社會發展。
卡車航班快捷通關
澳門海關與國家海關總署在二○○四年三月簽署《海關總署與澳門海關合作互助安排》。往後，粵澳海關積極開展業務交流和合作。同年十月，粵澳海關舉行首次高層會晤，為業務合作確定了工作方向和具體內容，當中包括緝私合作、簡化海關手續、便利粵澳貿易、調查合作、知識産權保護合作與互助、培訓和交流。在合作機制下，更朝着配合業界發展、通關業務現代化，以及與世界各地關務接軌方向邁進。在簽署上述安排後，向業界提供的便利措施包括“卡車航班”，它的優點是提供“一次申報、一次查驗、一次放行”直通式通關服務，給予業界簡化手續和快捷通關的便利。二○○五年九月，澳門國際機場與廣州白雲機場開始運作“卡車航班”。
二○○六年，澳門海關應業界要求，進一步推動粵澳經貿往來，並與廣東分署研究澳門貨物經海路運往深研，獲廣東分署積極回應。同年十月在深圳舉行的工作會議上，落實澳門貨物經深圳海運口岸轉關運作模式及監管辦法，兩地海關取得共識。加上澳門業界積極籌備，在二○○七年十月首航，由澳門內港將貨物運往深圳，正式開通“深澳航線”。澳門與內地海關更為此海路運作模式試行“綠關鎖”制度，根據協議，澳門海關?已經檢查的貨物封上“綠關鎖”，當貨物抵達內地港口，內地海關會參照澳門海關的檢查結果，減少重複查驗，令澳門貨物更快速運往目的地。
借助粵拓出口渠道
澳門産品或出口貨物長期依賴香港輸往世界各地，為提供更多途徑讓澳門出口貨物通往世界各地，設立了“粵澳過境貨物”措施，即借助廣東省便捷的交通網，提升本地經營商的競爭力。二○○五月五月，首批貨物經橫琴口岸前往深圳鹽田港，並成功付運美國。
澳門海關與內地亦設立“陸路口岸查驗結果參考互認機制”，即進出廣東省與澳門的貨物，只須在報關地經海關查驗及鎖上“綠關鎖”後，進入另一方海關時不會重複查驗。二○○九年十二月，上述機制在路凼新城、珠澳跨境工業區和關閘海關站啟動，促進澳門與廣東省陸路通關便利和監管，減省業界開支和時間，有助促進區域通關協作和貿易便利化。
方便葡萄酒進內地
澳門海關與海關總署在行政長官崔世安見證下，二○一一年五月簽署“為經澳門特別行政區輸往內地的葡萄酒提供通關徵稅便利措施合作安排”。往後，葡萄酒出口商在經濟局申請登記後，便可與已在拱北海關登記的內地入口商合作，將葡萄酒輸往內地，享受通關徵稅便利安排，清關時間可縮短至三至七日。若出口商在進口前十日向內地海關申請葡萄酒預先評稅，報關程序更可在一日內完成，有助澳門葡萄酒出口商更便捷進入內地市場，幫助業界發展。
為配合內地二○一一年一月推動《海峽兩岸經濟合作框架協議(ECFA)》項下貨物經澳門中轉享受相關優惠關稅待遇，經與海關總署研究並取得共識，澳門海關對透過澳門轉運到內地的ECFA項下貨物發出海關確認書，以證明符合申請ECFA項下貨物在澳門海關監管下符合ECFA中轉條件，以便業界向內地海關申請ECFA優惠關稅。二○一一年一月中旬，首宗ECFA項下貨物抵達澳門國際機場，經路凼蓮花口岸進入內地。
為進一步優化港澳的關務程序，二○一二年三月開始，由澳門對輸往香港的應課稅品，業界毋須向香港海關遞交“卸貨證明書”，此措施實施後，可助業界減省人力資源，優化清關程序。（本報記者 關咏賢 報道）